En 1838, Charles-René Pictet, chambellan du roi de Bavière, chargé d’affaires à Paris, conseiller de cour de l’empereur de Russie et chevalier de l’ordre de Saint-Anne, acquiert un pré en bordure du lac auprès de Catherine-Marie Fabri, alors propriétaire du domaine du Vengeron. Pour étendre sa propriété, il achète également une bande de terrain située sur la grève, appartenant à la commune de Pregny.

La même année, il fait construire la maison d’habitation par l’architecte Samuel Vaucher (1798–1877). Son épouse, Julie Cazenove, artiste et élève du peintre Alexandre Calame, supervise personnellement l’aménagement du parc.

En 1868, lors du redressement de la Route de Suisse (aujourd’hui Route de Lausanne), la propriété s’agrandit d’une nouvelle parcelle au nord. Le tracé de l’ancienne chaussée, alors bordée d’arbres centenaires, reste encore visible dans le domaine.

À la mort de ses parents, le fils cadet, Auguste Pictet, hérite de la propriété. Il fait orner les façades de nouveaux éléments décoratifs et revoit les accès en y ajoutant le portail encore en place aujourd’hui. Vers 1880, il fait construire un vaste port et entreprend la restauration de la maison, en modifiant notamment la toiture.

En 1945, son fils Maurice morcelle une partie du terrain et vend deux parcelles à messieurs Georges Hirsch et Émile Mossaz.

La demeure reste ensuite dans la famille Pictet jusqu’en 1987, année où elle est vendue à l’État de Genève pour un montant de 9,8 millions de francs.

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Passée aux mains de l'État, la maison est louée à la Confédération pour y accueillir une instance internationale qui ne l’occupe toutefois que de manière épisodique. En 2007, estimant ce bien superflu, le Conseil d'État obtient l'accord du Grand Conseil pour en autoriser la vente.

Une cession à l’État algérien, pour un montant de 31 millions de francs, échoue in extremis, en raison d’une contrainte légale : l’obligation de garantir l’accessibilité publique du domaine. En 2010, avec le soutien de l’UDC, du MCG et de certains élus Verts, le PS parvient à faire abroger l’autorisation de vendre.

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Depuis l’automne 2011, la maison accueille l’Institut Confucius, un centre dédié à l’enseignement de la langue chinoise et à la découverte de la Chine contemporaine, fruit d’un partenariat entre l’Université de Genève et la République populaire de Chine.