Le nom de « La Pierrière » provient des carrières sous-lacustres de molasse situées à 800 mètres au sud. Ces carrières ont été exploitées de la fin du Moyen Âge jusqu’au XVIIIème siècle. Le lieu-dit donna également, dès le 21 octobre 1987, son nom à deux artères de la commune.

Traversée par la Route de Suisse (actuelle Route de Lausanne), elle subit les nuisances d’un passage fréquenté, propice aux rôdeurs, contrebandiers et autres malandrins, profitant de l’absence de surveillance pour commettre toutes sortes de délits.

Le domaine de « La Pierrière » se constitue progressivement, entre 1720 et 1784, par l’acquisition de plusieurs parcelles réunies par Jean-Claude Battu, aubergiste établi à « La Pierrière ». La maison de maître a vraisemblablement été construite au milieu du XVIIIème siècle. Elle est caractérisée par la composition symétrique de ses façades et son décor de faux appareillage peint. L'avant-corps à pans coupés et le toit à la Mansart pourraient eux remonter au courant du XXème siècle.

Le 22 novembre 1817, son fils, André Battu, cède la propriété à Guillaume-Corneille de Chapeaurouge, ancien maire de Vandœuvres, pour la somme de 42'500 francs.

À la mort de ce dernier, ses héritiers vendent, le 24 avril 1820, le domaine à Louis Jaquier, bourgeois de Féchy, domicilié à Chambésy. Dès 1821, ce dernier obtient du Conseil d'État genevois l'autorisation d’ériger un mur côté lac et d’y construire un port. Jusqu’alors, la rive dans cette partie du Léman n’est qu’une grève, continuellement rongée par les vagues.

Le 4 avril 1825, Louis Jaquier transmet La Pierrière à ses petits-enfants (les enfants mineurs de son fils Jean) et en réserve l’usufruit à leur mère, Elisa Robinson. Jean Jaquier, leur père, est alors frappé d’interdiction civile et divorcé.

Le 30 mai 1831, Elisa Robinson, agissant au nom de ses enfants mineurs, vend le domaine à Caroline-Renée Turrettini. La propriété comprend alors la grande maison de maître, la maison du fermier avec grange et écurie, la loge du portier, ainsi qu’environ 21 poses de terre. À cette époque, la Route de Suisse passe encore entre la maison et le lac.

En 1846, son fils, Jean-Adolphe-Amédé d’Arbigny, maire de Pregny de 1834 à 1846, procède à un échange de terrains avec l’État afin de modifier le tracé de la Route de Suisse. Cet accord permet de créer une continuité domaniale, la maison de maître et le bord du lac sont désormais liés, et de créer un tunnel souterrain afin de connecter la propriété aux terres à l'ouest de la nouvelle route. Le 31 mai 1858, il vend « La Pierrière » à Edmond Boissier, avec tout son mobilier, pour la somme de 200'000 francs.

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Le botaniste Edmond Boissier réside dans la propriété voisine, connue sous le nom de Le Rivage, lorsqu’il acquiert La Pierrière. Il destine cette dernière à sa fille, Caroline, qui s’y installe après son mariage avec William Barbey. Des travaux sont entrepris et l'architecte Edmond Fatio (1871-1959) transforme la maison de maître. Une fontaine en calcaire est également réalisée.​ Barbey transforme alors les terrains situés de l’autre côté de la Route de Suisse, longeant la voie ferrée, en un arboretum d’une grande richesse, notamment réputé pour sa collection de conifères.

En 1885, le couple Boissier-Barbey acquiert un terrain proche, au sud de la maison de maître « Le Rivage », et y font construire la maison de maître de style néo-médiéval « Les Jordils » par l'architecte Étienne Poncy (1849-1907). En plus de sa fonction d'habitation, cette demeure abritait les herbiers de William et ceux de son beau-père Edmond.

À son décès, la propriété revient à leur cinquième enfant, Frédéric Barbey, qui entreprend d’importantes transformations du domaine. Plus tard, son fils Raymond Barbey, maire de Pregny de 1944 à 1951, en devient à son tour propriétaire.

 

Au début des années 1980, l’ancien arboretum, situé de l’autre côté de la route, est vendu afin d’y établir la Mission permanente du Royaume d’Arabie saoudite auprès des Nations Unies.

 

Le 8 septembre 2023, la famille Barbey cède la maison de maître à la société Villa U S.A. pour la somme de 20 millions de francs suisses.