La création du domaine est relativement récente. Auparavant, le terrain appartient à Marc-François Vuaillet (1785-1811), maire de Pregny de 1800 à 1808, puis à son fils Louis-Valentin. Ce terrain ne constitue alors qu’une partie de leur vaste domaine, dont la maison principale s’élève à l’emplacement des actuelles dépendances du Château de Pregny.

En 1834, Georges Haldimand (1781-1851), rentier, s’installe à Pregny en provenance directe de Londres. Issu d’une famille d’Yverdon dont la plupart des membres sont établis à l’étranger, il acquiert la partie sud du domaine voisin de la Villa Perrot auprès de Louis Perrot-de Pourtalès (1785-1865). Pour étendre son futur domaine, il achète une série de parcelles situées sur les pentes du coteau. Entre 1835 et 1836, il fait construire une maison de maître dans le style Tudor (néo-gothique anglais). Cette maison est peut-être l'œuvre de Jacques-Louis Brocher (1808-1884).

En septembre 1850, la propriété est vendue à Jean Alphonse Favre (1815-1890), qui s’y installe l’année suivante.

Pour célébrer leur arrivée dans la commune, les Favre organisent une grande réception dans leur domaine, réunissant les officiers des troupes suisses stationnées à Genève, la Société helvétique des sciences naturelles, ainsi que les membres du Congrès du christianisme social et celui des orientalistes. Les Favre apprécient également d’orchestrer la fête annuelle de l’école, avec au programme goûter, mât de cocagne, courses et remise de prix, ballons et feux d’artifice.

 

Profondément marqué par l’isolement des familles protestantes dans ce village à forte tradition catholique, il décide de créer, en 1852, une école primaire dans une petite maison située au fond de son domaine. Les cours ont lieu tous les jeudis, et le catéchisme est organisé chaque dimanche, avec la participation des adultes également invités. Les habitants accèdent à l’école par le Chemin des Chèvres.

Bien que la commune ait construit une école primaire publique en 1835, rendant théoriquement inutile « l’école des Ormeaux », Jean Alphonse Favre estime qu’elle doit perdurer, car l’enseignement religieux n’est pas inclus dans le programme officiel. Ainsi, les cours du jeudi et le catéchisme sont maintenus. Il fait alors détruire la petite maisons initiale et transfère son école protestante dans une dépendance du domaine, qu’il fait aménager spécialement à cet effet.

En 1856, Jean Alphonse Favre acquiert une partie du domaine voisin appartenant à la famille Saladin, situé de l’autre côté du Chemin des Chèvres. Désireux d’unifier les deux propriétés, il entreprend des travaux pour modifier le tracé supérieur du chemin, intégrant ainsi les deux domaines en un seul ensemble.

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Jean Alphonse Favre a quatre enfants : Ernest (1845-1925), Léopold (1846-1922), Edouard (1855-1942) et Catherine (1851-1932), cette dernière étant mariée à Théodore Turrettini (1845-1916). C’est Edouard qui hérite de la propriété des Ormeaux en 1881 et y réside avec son épouse, Mathilde Gautier (1862-1941). À sa mort, ses sept enfants héritent à leur tour de la propriété, qu’ils revendent en 1951 à l'État de Genève.

Le domaine, divisé en deux par la Route de Pregny, pousse l'État à vendre la parcelle située au nord de cette artère à la commune de Pregny. Celle-ci est alors aménagée en terrains avec serres, exploités par Louis Brüll, horticulteur-fleuriste, ainsi qu’en terrain de sport communal. Dans les années 1990, lorsque M. Brüll prend sa retraite, le terrain reste une friche, en attendant la possibilité d’y construire de nouveaux bâtiments administratifs pour la commune. Finalement, en 2024, ce terrain est réuni avec le terrain de sport voisin pour former un seul et même ensemble, où un pumptrack est aménagé.

La maison de maître est louée depuis les années 1960 à la Mission permanente de France et du désarmement auprès des Nations Unies.

​En 1963, l'État cède la partie sud du domaine, adjacente au Chemin des Chèvres, à l'industriel français Marcel Dassault (1892-1986). Ce dernier y fait construire une maison, conçue par l'architecte Arthur Bugna (1921-1983).