En 2010, un promoteur immobilier acquiert le domaine dans le but d’y construire un centre économique régional pouvant accueillir entre 1'500 et 2'000 employés. Le projet n° 29760-530 prévoit la création d’une zone urbaine, destinée à un établissement hôtelier, à des activités administratives et à l’habitat. Il inclut également l’exclusion des parcelles composant le domaine de la Malvande du périmètre de protection générale des rives du lac, établi en 1992. Lors de l'enquête publique n° 1692 menée du 4 juin au 5 juillet 2010, le Conseil municipal de Pregny-Chambésy émet un préavis défavorable le 11 novembre 2010. Cependant, l’État de la République et canton de Genève ainsi que la Commune de Pregny-Chambésy jugent nécessaire de modifier les limites de zones du périmètre de protection générale des rives du lac. Consultée, la Commission des monuments, de la nature et des sites (CMNS) constate que le tracé actuel du périmètre crée une séparation artificielle entre la maison de maître et les dépendances du domaine de la Malvande, ce qui justifie une révision de la protection des rives du lac. Toutefois, la CMNS subordonne son approbation à l’adoption d’une mesure garantissant la sauvegarde de l’ensemble du domaine.

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Le propriétaire, en coordination avec le service des monuments et des sites, initie dès septembre 2014 les études nécessaires à l’élaboration d’un futur projet de plan de site. Il est également convenu que ce projet devra respecter les éléments bâtis et paysagers anciens. Le projet devra s’inscrire dans une démarche respectueuse et proportionnée, en préservant impérativement les structures existantes et leur substance. Il devra répondre aux exigences de conservation-restauration, en respectant les caractéristiques architecturales et matérielles de la maison de maître et des deux corps de dépendances. Les propositions devront obligatoirement se baser sur une analyse approfondie du site, incluant une étude historique complète, une analyse matérielle (structure, substance et décor), ainsi qu’un reportage photographique détaillé. Le nouveau projet de plan de site est présenté en octobre 2015 et son périmètre englobe onze parcelles. Le projet prévoit la construction de cinq principaux bâtiments destinés à des logements, ainsi que des activités hôtelières et tertiaires. Le rapport entre la surface totale des terrains hors domaine public (48'498 m²) et la surface brute de plancher (29'099 m²) aboutit à un indice d’utilisation du sol de 0.6, correspondant au seuil maximal autorisé par la loi.

Deux sont situés sur les parcelles au nord, avec des surfaces respectives de 8 132 et 11 221 m2, et une hauteur d’environ 16 mètres. Les deux autres bâtiments, implantés sur les parcelles au sud, couvrent des surfaces de 1 786 et 3 327 m2, pour une hauteur d’environ 14 mètres. Ces quatre bâtiments sont positionnés en dehors de la zone de vue entre la maison de maître et le lac9. La cour située entre les deux dépendances est complétée à l’ouest par un bâtiment de 1 435 m2 et d’une hauteur de 6 mètres, destiné à atténuer les nuisances provenant de la voie ferrée9. De plus, le projet s’engage à préserver et renforcer les massifs arborés existants, à aménager l’ensemble des places de stationnement en sous-sol (l’accès aux garages souterrains pour les véhicules motorisés se fera uniquement en deux points : l’un depuis la Route de Lausanne et l’autre depuis le Chemin de Chambésy), ainsi qu’à rénover et mettre en valeur la maison de maître et les dépendances existantes.

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Afin de concrétiser ce projet, le promoteur doit obtenir l'aval du Conseil municipal de Pregny-Chambésy ainsi que du Grand Conseil genevois, en vue de modifier la dénomination de la zone d’aménagement du domaine, incluant l’ensemble des parcelles concernées (Les deux instances politiques doivent décider d’accepter ou non le changement de la zone 5 en une zone 4A, destinée à cet effet, et de modifier le périmètre de protection générale des rives du lac autour du domaine de la Malvande.). Le 1 février 2016, la CMNS émet un préavis favorable. Lors de l'enquête publique ouverte du 13 décembre 2016 au 11 janvier 2017, cinq observations sont relayées. À l'issue de cette phase de la procédure, le Conseil municipal de la commune de Pregny-Chambésy émet un préavis défavorable le 21 février 2017. Deux rapports, datés du 4 février 2019 et du 16 mai 2019, émis par la commission d'aménagement du canton, recommandent également aux parlementaires du Grand Conseil de rejeter le changement de zone d'aménagement du Domaine de la Malavande.

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Malheureusement, le 7 juin 2019, le Grand Conseil genevois adopte, par 52 voix pour, 37 voix contre et 4 abstentions, la loi n° 12 148 portant sur le changement de zone d'aménagement du Domaine de la Malvande. Le 14 avril 2021, le Conseil d'État approuve le plan de site. Cette loi modifie donc les limites de zones sur le territoire de la commune de Pregny-Chambésy en créant une zone 4A, destinée à un établissement hôtelier, à des activités administratives et à l'habitat. Elle modifie également le périmètre de protection générale des rives du lac autour du domaine de la Malvande.

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Le but de notre organisme est de veiller impérativement à la préservation la plus totale de la maison de maître, des deux corps de dépendances et du domaine historique, en tenant compte de l’importance de ce patrimoine tant au niveau architectural qu’au niveau de son histoire. Nous estimons que la meilleure solution serait l'abandon pur et simple de ce projet pharaonique, qui risquerait de défigurer un terrain d'une telle valeur historique et culturelle. L’intégrité de ce lieu unique doit être prioritaire afin de garantir sa transmission aux générations futures, sans qu'il ne subisse l’impact d’une telle transformation.

Pour l’instant, le projet demeure en suspens, bien que des rumeurs circulent dans le village, suggérant que cette pause soit due à un décès survenu au sein du cercle proche du promoteur, événement qui aurait temporairement freiné la progression du projet.